Theo tên chữ Hán trên trang bìa quyển Tập diễn-văn của ông Hoàng-Thúc-Kháng, in năm 1926 thì đúng ra đọc (và viết) tên ông phải là Hoàng Thúc Kháng. Tuy nhiên, do kiêng húy Đoan Quốc Công Nguyễn Hoàng, họ Hoàng phải đổi thành Huỳnh. Đến nay các tỉnh miền Trung và Nam vẫn dùng âm Huỳnh. Tuy vậy, vẫn có sách dùng Hoàng Thúc Kháng.

Ông sinh ngày 1 tháng 10 năm 1876, là người làng Thạnh Bình, tổng Tiên Giang Thượng, huyện Tiên Phước, phủ Tam Kỳ (nay thuộc xã Tiên Cảnh, huyện Tiên Phước), tỉnh Quảng Nam. Cha ông là cụ ông Huỳnh Văn Phương, tự Tấn Hữu, xuất thân nhà nông hào nhưng cũng học qua Nho học, nhiều phen thi cử nhưng không đỗ. Mẹ ông là cụ bà Nguyễn Thị Tình, người làng Hội An nhưng cư ngụ làng Phú Thị (nay thuộc xã Tiên Châu, huyện Tiên Phước), em ruột Phó bảng Nguyễn Đình Tựu.